HPLC的全名為高效液相色譜法(High Performance Liquid Chromatography)，是十分重要、常見的有機物分析方法。 原理是藉由固定相吸附流動相中的待測物，進一步再使用沖提液將待測物洗出，藉此分離出與固定相吸附能力強弱不同待測物。 藉由標準品的使用，更可以達到定量、定性分析的目的。 早期的HPLC，通常是使用極性物質為固定相(如矽膠)；移動相則選擇非極性的物質。這種模式稱為一般模式 (normal phase)。 近代高達75%以上的應用則使用逆向(reverse phase)HPLC。在逆相 HPLC 中，管柱裡填充的是非極性的疏水分子(C-18)；移動相ㄧ般為水與有機溶劑的混和。 根據管柱使用原理不同，HPLC可分為幾種： 離子交換層析法 (Ion-exchange chromatography) 此方法的固定相是陽離子或陰離子交換樹脂，其所攜帶的電荷可吸引帶相反電荷的離子。待測物質與樹脂之間的吸引力強度會影響分離的結果，而此吸引力的來源則與待測物質的電荷與大小有關。 尺寸排阻層析法 (Size exclusion chromatography) 管柱中填充具有特定孔隙大小的粒子，只有小分子可以從中穿越。樣品中的大分子會先到達偵測器，再來是較小的分子，最後才是溶劑。 親和性層析法 (Affinity chromatography) 管柱中含有與待測物或是特定官能基具有專一性的親和性配合基。待測物質會辨認並與配合基以特殊的方式結合。另一種 HPLC 叫做降解性 HPLC (denaturing HPLC, DHPLC)，為專門用來 偵測單一核苷酸多型性 (single nucleotide polymorphisms, SNPs，為最常見的遺傳性基因變 異) 的方法。在 DHPLC 中，管柱裡的固定相對於單股及雙股 DNA 有不同程度的親和性。現今 有兩種可供此法分析的管柱種類：原始的管柱填充的是 alkylkated poly(styrene-divinylbenzene)，後來發展出來的是填充 alkylated silica 的管柱。 然而，無論何種類型的HPLC， 都必須使用水做為溶劑， 如果水中有任何的汙染物都將對實驗的結果發生影響。